Kryptomonaden sind asymmetrische, abgeflachte Einzeller mit zwei Geißeln, einer längeren und einer kürzeren. Sie betreiben Fotosynthese mit verschiedenen Farbstoffen, weshalb sie gelbbraun, braun, rötlich, olivgrün, blauggrün oder blau erscheinen können. Es gibt aber auch farblose Arten, die sich phagotroph ernähren, also Beuteorganismen aufnehmen.
